Författare:
* John Smith
* Jane Doe
* Michael Jones
Anslutningar:
* Institutionen för växtbiologi, University of California, Davis
* Institutionen för ekologi och evolutionsbiologi, University of Arizona
Abstrakt:
Invasiva växter är ett stort hot mot naturliga ekosystem världen över. De kan konkurrera ut inhemska växter om resurser, såsom vatten och solljus, och kan också förändra markkemin och hydrologin i ett område. Detta kan ha en förödande inverkan på inhemska växtsamhällen och de djur som är beroende av dem.
En av nyckelfaktorerna som gör att invasiva växter lyckas är deras förmåga att anpassa sig till nya miljöer. Detta beror ofta på förändringar i genuttryck, vilket kan leda till förändringar i växtegenskaper, såsom tillväxthastighet, bladstorlek och rotstruktur.
För att förstå hur invasiva växter anpassar sig till nya miljöer måste vi ha en detaljerad förståelse av deras transkriptom. Transkriptomet är samlingen av alla RNA-molekyler som produceras av en cell. Genom att studera transkriptomet kan vi identifiera generna som uttrycks och hur deras uttryck förändras som svar på olika miljöförhållanden.
I denna studie satte vi ihop transkriptomet av ett skadligt ogräs, _Centaurea maculosa_. _C. maculosa_ är en infödd i Europa och Asien som har blivit invasiv i Nordamerika. Det är ett stort hot mot inhemska växtsamhällen i västra USA, där det kan bilda täta bestånd som utesluter andra växter.
Vi använde en kombination av RNA-seq och de novo-montering för att generera en högkvalitativ transkriptomsammansättning för _C. maculosa_. Sammansättningen innehåller över 100 000 transkript, som representerar den stora majoriteten av de gener som uttrycks av växten.
Vi utförde också en differentiell genuttrycksanalys för att identifiera generna som uttrycks differentiellt mellan _C. maculosa_ växter som odlades i olika miljöer. Vi fann att ett antal gener uttrycktes differentiellt mellan växter som odlades i en gemensam trädgård och växter som odlades i fält. Dessa gener är sannolikt involverade i växtens svar på olika miljöförhållanden.
Transkriptomsammansättningen och differentiell genuttrycksanalys som vi har genererat i denna studie ger värdefulla nya resurser för att studera hur _C. maculosa_ och andra invasiva växter anpassar sig till nya miljöer. Dessa resurser kommer att hjälpa oss att förstå mekanismerna som gör det möjligt för invasiva växter att lyckas och utveckla nya strategier för att kontrollera deras spridning.
Sökord:
* Transkriptommontering
* Genuttryck
* Invasiva växter
* _Centaurea maculosa_
