1. Genetiska skillnader :Y-kromosomen är unik för män och innehåller gener som är primärt ansvariga för manligt könsbestämning och utveckling. Neanderthal Y-kromosom bär en uppsättning gener som skiljer sig från de som finns hos moderna människor.
2. Korsning och reproduktiv framgång :När moderna människor (Homo sapiens) och neandertalare (Homo neanderthalensis) korsades var det främst manliga neandertalare som parade sig med honor av Homo sapiens. Detta resulterade i avkomma med Neanderthal mitokondrie-DNA (ärvt från modern) och en kombination av Neanderthal och Homo sapiens kärn-DNA.
3. Genetisk inkompatibilitet :Det verkar som om Y-kromosomen från neandertalaren stod inför utmaningar när det gäller att framgångsrikt reproducera sig med Homo sapiens-honor. Neanderthal Y-kromosomen kan ha burit genetiska varianter som var oförenliga med mänskliga reproduktionsprocesser. Denna inkompatibilitet kunde ha resulterat i minskad fertilitet eller lägre chanser för framgångsrika graviditeter, vilket leder till en lägre förekomst av neandertal Y-kromosomer i moderna mänskliga populationer.
4. Naturligt urval och anpassningar :Under tusentals år gynnade naturligt urval överlevnad och reproduktion av individer med genetiska egenskaper som var bättre lämpade för de specifika miljöförhållanden och utmaningar som moderna människor står inför. Denna process skulle ha gynnat bevarandet av mänskliga Y-kromosomlinjer som var mer framgångsrika när det gäller reproduktiv kondition och överlevnad.
Som ett resultat av dessa faktorer blev Neanderthal Y-kromosomen allt mer sällsynt och kom så småningom från den moderna mänskliga genpoolen. Följaktligen innehåller modernt mänskligt DNA inte signifikanta spår av neandertalhärkomst på Y-kromosomen.