Honung har en hög viskositet, vilket beror på den starka vätebindningen mellan sockermolekylerna. Vätebindning är en typ av dipol-dipol-interaktion som uppstår när en väteatom i en molekyl är kovalent bunden till en mycket elektronegativ atom, såsom kväve, syre eller fluor. Väteatomen har en partiell positiv laddning, medan den elektronegativa atomen har en partiell negativ laddning. Detta skapar en dipol, eller region med motsatt laddning, som kan attrahera andra dipoler. När det gäller honung gör vätebindningen mellan sockermolekylerna att molekylerna klibbar ihop och bildar en trögflytande vätska.
Förutom vätebindning uppvisar honung även andra intermolekylära krafter, såsom van der Waals-krafter och hydrofoba interaktioner. Van der Waals-krafter är svaga attraktionskrafter som uppstår mellan alla molekyler. De orsakas av fluktuationerna i molekylernas elektronmoln, som skapar tillfälliga dipoler. Dessa tillfälliga dipoler kan attrahera varandra, vilket gör att molekylerna håller ihop. Hydrofoba interaktioner är krafter som uppstår mellan opolära molekyler (molekyler som inte har en nettoladdning). Dessa krafter orsakas av opolära molekylers tendens att utesluta vattenmolekyler från sina ytor. När det gäller honung tenderar de opolära sockermolekylerna att klumpa ihop sig för att utesluta vattenmolekylerna.
Kombinationen av vätebindning, van der Waals krafter och hydrofoba interaktioner ger honung dess unika fysiska egenskaper.
