Funktionsbasen i ett mikroskop är den del som inrymmer mikroskopets kontroller och ger stabilitet till mikroskopet. Funktionsbasen inkluderar vanligtvis en strömbrytare, intensitetskontroll och fokusknappar. Det kan också inkludera en scen, som är en plattform där provet placeras, och en kondensor, som är en lins som fokuserar ljus på provet. Funktionsbasen har vanligtvis en tung, stabil bas som hindrar den från att röra sig när mikroskopet används.