Vid transkription fungerar DNA-mallsträngen som en guide för syntesen av budbärar-RNA (mRNA) genom komplementär basparning med ribonukleotider. Under denna process paras specifika kvävebaser på DNA-strängen med deras komplementära baser på de inkommande ribonukleotiderna. Här är reglerna för basparning under transkription:

- Adenin (A) på DNA-mallsträngen parar sig med Uracil (U) på RNA-strängen.

- Tymin (T) på DNA-mallsträngen förblir oparad, eftersom det inte finns någon motsvarande bas i RNA.

- Cytosin (C) på DNA-mallsträngen parar sig med Guanin (G) på RNA-strängen.

- Guanin (G) på DNA-mallsträngen parar sig med Cytosin (C) på RNA-strängen.

Under transkription läser ett RNA-polymerasenzym DNA-mallsträngen i en 5'- till 3'-riktning och syntetiserar en komplementär RNA-molekyl genom att sekventiellt lägga till ribonukleotider i 5'- till 3'-riktningen. Denna basparningsmekanism säkerställer att RNA-transkriptet är en korrekt kopia av DNA-mallen, förutom närvaron av Uracil (U) istället för tymin (T), vilket gör det lämpligt för translation till proteiner.