Bakterier som kan överleva utan närvaro av syre kallas anaeroba bakterier. De kan generera energi genom andra processer än aerob andning, såsom fermentering eller anaerob andning. Några exempel på anaeroba bakterier inkluderar:

- Clostridium botulinum:Denna bakterie producerar nervgiftet som orsakar botulism, en allvarlig form av matförgiftning. Det finns i jord och kan förorena livsmedelsprodukter som konserver.

- Escherichia coli (E. coli):Vissa stammar av E. coli är anaeroba och kan orsaka infektioner som urinvägsinfektioner och matförgiftning.

- Bacteroides fragilis:Denna bakterie är en del av den normala tarmfloran men kan orsaka infektioner om den kommer in i andra delar av kroppen, såsom blodomloppet eller bukhålan.

- Metanogener:Dessa bakterier producerar metan som en biprodukt av deras ämnesomsättning och finns i miljöer som träsk, kärr och deponier.