Högre procentuell agaros (t.ex. 1-2%):
* Mindre porstorlek: Detta möjliggör bättre separering av mindre DNA -fragment . Gelen fungerar som en sikt, fångar mindre fragment längre, vilket får dem att migrera långsammare.
* Används för:
* Analysera DNA -fragment mindre än 1000 baspar (BP)
* Högupplöst separering av små fragment
* Begränsningsfragmentlängd Polymorfism (RFLP) -analys
Lägre procentuell agaros (t.ex. 0,5-0,8%):
* Större porstorlek: Detta möjliggör snabbare migration av större DNA -fragment .
* Används för:
* Separera större DNA -fragment (över 1000 bp)
* Analysera genomiskt DNA
* Pulsed-fältgelelektrofores (PFGE) för mycket stora DNA-molekyler
Nyckelöverväganden:
* Fragmentstorlek: Storleken på DNA -fragmenten du försöker separera är den primära faktorn för att bestämma gelprocenten.
* Upplösning: Högre procentuella geler ger högre upplösning för att separera små fragment, medan lägre procentuella geler är bättre för att separera stora fragment.
* Migrationstid: Högre procentuella geler bromsar migrationen och kräver längre körtider. Lägre procentuella geler möjliggör snabbare migration.
Exempel:
Om du analyserar produkterna från en restriktionsenzymmältning som innehåller fragment som sträcker sig från 500 till 1000 bp, skulle du sannolikt välja en 1% agarosgel. Om du analyserade genomiskt DNA med fragment som sträcker sig från 50 000 till 100 000 bp, skulle en 0,7% agarosgel vara mer lämplig.
