Detta betyder att:

* mutationer ackumuleras i jämn takt över tid.

* Antalet skillnader mellan två sekvenser är proportionell mot tiden eftersom de avviker från en gemensam förfader.

Detta gör det möjligt för forskare att använda hastigheten för molekylär utveckling för att uppskatta tiden för avvikelse mellan olika arter eller linjer.

Det är dock viktigt att notera att molekylklockan inte är perfekt. Mutationshastigheten kan variera beroende på faktorer som:

* Den specifika genen eller proteinet som studeras.

* Organismens generationstid.

* De selektiva trycket som verkar på organismen.

Därför används den molekylära klockmodellen ofta i samband med andra metoder för att uppskatta evolutionära förhållanden och divergenstider.