Förfärgade proteiner är proteinblandningar som har kovalent kopplats till ett färgämne . Detta gör att de kan visualiseras direkt på en gel , eliminera behovet av separata färgningsförfaranden. De används ofta som molekylviktsmarkörer i gelelektrofores, särskilt SDS-PAGE (Natriumdodecylsulfat-polyakrylamidgelelektrofores).
Här är en uppdelning av viktiga aspekter:
1. Varför använda förfärgade proteiner?
* bekvämlighet: Ingen separat färgning krävs, spara tid och ansträngning.
* Visuell spårning: Låter dig spåra framstegen med din proteinseparation under elektrofores.
* exakt bestämning av storlek: Ger referenspunkter för att bestämma molekylvikten för okända proteiner.
* Felsökning: Kan hjälpa till att identifiera potentiella problem i din elektroforesinställning, som felaktig gelbelastning eller ojämn körning.
2. Hur förfärgade proteiner fungerar:
* Dye Conjugation: Proteinerna är kovalent kopplade till ett färgämne, vanligtvis ett fluorescerande eller färgat färgämne.
* Elektroforetisk rörlighet: Färgämnet förändrar inte signifikant proteinets elektroforetiska rörlighet, vilket innebär att de migrerar enligt deras molekylvikt.
* Visualisering: Färgen tillåter direkt visualisering av proteinbanden på gelén, antingen under UV -ljus eller med synligt ljus.
3. Viktiga funktioner hos förfärgade proteiner:
* Molekylviktsområde: Finns i olika intervall som passar olika experimentella behov.
* färgegenskaper: Färgens som används påverkar bandets känslighet och synlighet.
* stabilitet: Vissa förfärgade proteiner är mer stabila än andra och tål hårda förhållanden.
* Kompatibilitet: Se till att kompatibilitet med din elektroforesbuffert och geltyp.
4. Tillämpningar av förfärgade proteiner:
* SDS-PAGE Molekylviktsmarkörer: Den vanligaste applikationen.
* Western blotting: Används som en storleksreferens för överförda proteiner.
* Övervakning av proteinrening: För att spåra proteinmigrering under reningsförfaranden.
* gelelektroforesfelsökning: Hjälp med att diagnostisera problem som ojämn gelbelastning.
5. Typer av förfärgade proteinmarkörer:
* Rainbow Markers: Innehåller en blandning av proteiner med olika färger för enkel identifiering av varje band.
* Enfärgade markörer: Innehåller ett enda färgämne och ger mindre visuell differentiering, men kan vara till hjälp för specifika applikationer.
6. Fördelar med att använda förfärgade proteiner:
* Förenklat arbetsflöde: Eliminerar separata färgningssteg, sparar tid och ansträngning.
* Visuell spårning: Tillåter realtidsövervakning av proteinseparation under elektrofores.
* Tillförlitlig storleksbestämning: Ger exakta referenser för molekylvikt.
* Felsökningshjälpmedel: Hjälper till att identifiera potentiella problem i elektroforesinställningen.
7. Nackdelar med att använda förfärgade proteiner:
* Kostnad: Kan vara dyrare än traditionella proteinstandarder.
* Känslighet: Kanske inte är lika känsliga som traditionella proteinstandarder, särskilt för proteiner med låg mängd.
* färgstörning: Färgämnet kan störa vissa nedströmsapplikationer, som proteinsekvensering eller masspektrometri.
Sammantaget är förfärgade proteiner ett bekvämt och värdefullt verktyg för forskare som arbetar med gelelektrofores. De ger ett enkelt och pålitligt sätt att spåra proteinmigration och bestämma molekylvikt. Det är dock viktigt att välja lämplig markör för din specifika applikation och överväga de potentiella begränsningarna.
