Emellertid presenterar flera grupper utmaningar för traditionella klassificeringssystem:
* prokaryoter: Bakterier och archaea klassificerades initialt som ett enda kungarike, Monera. Men deras enorma mångfald och unika egenskaper ledde till deras separation i två domäner. Deras enkla struktur och brist på membranbundna organeller gör dem svåra att klassificera med traditionella metoder.
* virus: Virus betraktas inte som levande organismer eftersom de saknar livets egenskaper, till exempel cellstruktur och oberoende metabolism. De finns på gränsen mellan levande och icke-levande och kan inte klassificeras i något befintligt rike.
* Extremofiler: Organismer som trivs i extrema miljöer (som varma källor, mycket sura eller alkaliska miljöer) har ofta unika anpassningar som utmanar traditionella klassificeringssystem. Deras extrema förhållanden gör dem svåra att studera och klassificera.
* hybrider: Organismer till följd av blandning av olika arter kan oskärpa klassificeringslinjerna. Deras genetiska smink kombinerar egenskaper från båda föräldersarter, vilket gör dem svåra att placera inom en strikt taxonomisk ram.
* nyupptäckta organismer: När forskare fortsätter att upptäcka nya livsformer kanske de inte passar snyggt i befintliga klassificeringssystem. Upptäckten av nya arter med unika egenskaper kan tvinga en omprövning av befintliga klassificeringssystem.
I slutändan är klassificeringen av organismer en pågående process. När vår förståelse av biologi expanderar kan vi upptäcka nya sätt att kategorisera organismer och förfina befintliga system.
