1. kärnan: Prokaryoter saknar en verklig kärna. Deras DNA är beläget i en region som kallas nukleoiden, men det är inte inneslutet i ett membran.
2. membranbundna organeller: Prokaryoter har inte membranbundna organeller som mitokondrier, Golgi-apparater, endoplasmatisk retikulum, etc. De har ribosomer, men dessa är inte inneslutna i ett membran.