Alla eukaryoter delar komplexa celler med mitokondrier, en kärna och membranbundna organeller. Ändå skiljer sig deras cellväggar och metaboliska vägar markant.
Genomiska analyser visar att svampproteiner är närmare besläktade med animaliska proteiner än till växtproteiner. Till exempel proteinsekvensen för den cellulära slemmögeln Dictyostelium discoideum delar mer än 80 % identitet med mänskliga proteiner, vilket understryker de nära evolutionära banden mellan svampar och djur.
Växter har klorofyll, vilket ger dem sin gröna färg och driver fotosyntesen. Varken svampar eller djur innehåller kloroplaster, så de är beroende av externa energikällor. Växtcellsväggar består huvudsakligen av kristallin cellulosa, medan svampväggar innehåller kitin, en segare polysackarid som även förekommer i insekters exoskelett och blötdjursnäbbar.
Kitin är en stark, flexibel kolhydrat som ger strukturellt stöd hos svampar och leddjur. Studier har visat att behandling av svampkitin med alkaliinnehållande kväve frisätter ättiksyra, en reaktion som inte sker med växtcellulosa, vilket framhäver en grundläggande kemisk skillnad.
Djur producerar kolesterol, svampar producerar ergosterol och växter syntetiserar fytosteroler som cykloartenol. Trots dessa skillnader delar alla tre grupperna lanosterol som en gemensam prekursor i sina biosyntetiska vägar för sterol.
Fylogenomiska data placerar svampar närmare djur än växter, vilket återspeglar en delad härkomst som föregår divergensen av flercelliga organismer. Hypotesen att svampar utvecklats från alger har ifrågasatts av bevis för att tidiga svampförfäder saknade klorofyll och att kvävefixerande bakterier kan ha tillfört deras näringsämnen.
Svampar har en distinkt translationstöjningsfaktor, EF‑3, som saknas hos djur och växter. Denna molekylära egenskap understryker ytterligare den distinkta evolutionära vägen svampar har tagit inom den eukaryota domänen.
Medan växter, svampar och djur delar ett gemensamt eukaryotiskt arv, illustrerar deras skillnader i cellväggssammansättning, fotosyntesförmåga, proteinlikhet och evolutionär historia livets rika mångfald.