Även om väte som framställts av kol kan användas som ett rent brinnande bränsle, anses inte själva kolförgasningsprocessen vara en ren teknik. Kolförgasningsanläggningar släpper ut växthusgaser, inklusive koldioxid och metan, samt andra föroreningar som svaveldioxid och kväveoxider. Dessutom kan kolbrytning och transporter också leda till miljöpåverkan.
För att mildra miljöpåverkan från kolförgasning kan teknik för avskiljning och lagring av kol användas för att fånga upp och lagra koldioxiden som produceras under processen. CCS-tekniker är dock fortfarande under utveckling och är ännu inte allmänt implementerade i kommersiell skala.
Sammantaget, medan väte som produceras av kol kan vara ett rent brinnande bränsle, anses inte själva kolförgasningsprocessen vara en ren teknik. Ytterligare framsteg inom CCS-teknik och alternativa metoder för väteproduktion behövs för att göra väte från kol till ett riktigt rent bränsle.