1. tropisk våt och torr (savanna): Detta är den vanligaste klimattypen i bassängen och täcker det mesta av dess område. Det kännetecknas av en distinkt våt säsong (vanligtvis från maj till oktober) med kraftig nederbörd, följt av en lång torr säsong (från november till april) med lite till inget regn. Temperaturen är i allmänhet hög året runt, med en liten nedgång under den torra säsongen.
2. semi-arid (stäpp): Denna klimattyp förekommer i de norra och östra delarna av bassängen och gränsar till Saharaöknen. Den får mindre nederbörd än savannen, med en kortare våt säsong och en längre, mer uttalad torrsäsong. Temperaturen är extremt varma under dagen, med svala nätter.
3. torr (öken): Denna klimattyp finns längst norr om bassängen, i själva Sahara -öknen. Nederbörden är extremt knapp, ofta mindre än 100 mm per år. Temperaturen är mycket heta under året och når extrema höjder under sommarmånaderna.
Dessa är bara de viktigaste klimattyperna inom Niger River Basin. Inom var och en av dessa finns variationer i nederbörd, temperatur och andra faktorer som bidrar till ett brett utbud av mikroklimat över bassängen.
