På så sätt byggde de rejäla, stålarmerade betongväggar under jord. De upprepade processen med 152 ramsegment, som var och en mäter 22 fot (6,7 m) tvärs över, för att bilda en stor låda som mäter fyra stadskvarter med två stadskvarter (ca 500 x 1 000 fot, eller 152 x 304 m). Denna låda, vanligen kallad "badkar", bildade en vattentät perimetervägg för de två tornens grundstruktur.
Med badkaret på plats kunde World Trade Centers byggpersonal börja gräva ner till berggrunden för att lägga de två byggnadernas grundstöd. Det enda problemet var att jorden inuti badkaret var det primära stödmedlet som höll väggarna på plats – ta bort smutsen inuti, och vikten av smutsen och vattnet utanför skulle pressa väggarna inåt.
För att hålla väggarna på plats medan de byggde upp grunden, var besättningen tvungen att köra underjordiska tiebacks, kablar som sträckte sig från omkretsväggarna till sten som omgav badkaret. Detta gav tillfälligt stöd tills besättningen kunde avsluta en stödstruktur inuti badkaret.
Med omkretsväggarna säkrade på plats kunde besättningen börja gräva ut grundplatsen. Det slutade med att de grävde upp mer än 1 miljon kubikmeter (764 555 kubikmeter) fyllning, som de dumpade i Hudson och sträckte ut stranden. Utgrävningen lade faktiskt till 28 tunnland av förstklassiga fastigheter i New York och bildade det som nu är Battery Park City.
När de hade grävt ner till berggrunden sprängde de bort stora gropar för tornens stödkonstruktion och började bygga den massiva grundkonstruktionen för byggnaderna ovanför. Dessutom hade källarstrukturen sju nivåer av användbart utrymme, som inrymde parkeringsdäck, butiker och tunnelbanestationer.
Att sätta upp tvillingtornen var en stor logistisk utmaning, förutom ett häpnadsväckande ingenjörsproblem. Byggnaderna krävde en enorm mängd stål - cirka 200 000 ton totalt - men byggarbetsplatsen hade bara plats för lite åt gången. För att hålla igång byggandet utan att ta för mycket utrymme på byggarbetsplatserna var hamnmyndigheten tvungen att införa "just-in-time stålleverans."
I detta system transporterades allt stål från tillverkarna till en gigantisk järnvägsvarv i New Jersey. Varje större stålstycke hade ett långt ID-nummer som indikerar var och när det skulle användas. Enligt byggplanen skulle hamnmyndigheten frakta stålbitarna från varvet till platsen exakt när det var nödvändigt – mindre bitar gick med lastbil och större bitar med bogserbåt.
Byggprocessen fungerade inifrån och ut. Först byggde besättningen stålramen på den inre kärnan till en viss höjd och monterade sedan omkretsväggen runt den. Omkretsstrukturen bildades faktiskt av prefabricerade sektioner av vertikala pelare fästa vid horisontella balkar (kallade spandrels). De prefabricerade sektionerna var cirka 10 fot (3 m) breda, antingen två eller tre våningar höga, och vägde cirka 22 ton (20 metriska ton).
Golvkonstruktionen installerades sedan mellan den yttre ytterväggen och den inre kärnan. Golven kom också i förmonterade sektioner, bestående av 32 tum (81 cm) djupa takstolar toppade med en korrugerad metallyta. För att avsluta varje våning hällde besättningen betong över metallytan och toppade den med kakel.
I golvsektionerna ingick förmonterade kanaler för telefonledningar och elkabel, för att underlätta för de elektriker som skulle komma in senare. Efter att stålkonstruktionen var på plats fäste besättningen det yttre "skinnet" på omkretsen - anodiserad aluminium, förskuren till stora paneler.
Detta fortsatte, avsnitt för avsnitt, när tornen klättrade högre och högre. Besättningen lyfte stålsektionerna på plats med hjälp av fyra stora kranar (fyra per torn), monterade på långa stålkonstruktioner monterade inuti rörkonstruktionen. Kranarna kunde faktiskt lyfta sig själva högre, med hjälp av tung hydraulik, när golven var färdiga.
Medan besättningen fortsatte att bygga uppåt började andra arbetare att sätta upp golven nedanför, till att installera persienner och måla väggarna. Ett antal företag flyttade faktiskt in i sina nya WTC-kontor år innan tornen officiellt öppnade.
Förutom att använda en okonventionell strukturell design, var tvillingtornen också en estetisk avvikelse från de äldre byggnaderna i New York. De flesta av stadens skyskrapor har formen "bröllopstårta", med större sektioner på botten som avsmalnar till mindre sektioner ovanpå.
Detta berodde delvis på den rådande arkitektoniska stilen under första hälften av 1900-talet, men det var också ett resultat av New Yorks zonindelningsbegränsningar. För att säkerställa att väggar av skyskrapor inte blockerade allt ljus från att nå gatan, antog staden en resolution 1916 som dikterade att alla skyskrapor skulle ha en övergripande pyramidform.
En ny upplösning 1962 flyttade fokus och reglerade den totala höjden snarare än formen. De nya restriktionerna dikterade ett maximalt antal våningar, baserat på byggnadens stadsdel och tomtens totala yta. Hamnmyndigheten kunde bygga så höga torn eftersom de hade en enorm tomt med ett stort torg med öppet område. (Kolla in New York Skyscrapers:Regulations and Occupation för mer information.)