Jupiters moln förändras ständigt, och de kan ses i en mängd olika färger, inklusive rött, orange, gult och vitt. Molnens färger orsakas av de olika kemikalier som finns i atmosfären och av att ljuset från solen reflekteras från molnen.
Jupiters moln är också ansvariga för planetens berömda stora röda fläck, som är en massiv storm som har rasat i minst 300 år. Den stora röda fläcken är ungefär lika stor som jorden och den är så stor att den kan ses från jorden med ett teleskop.