Beräkningsbiologer vid Carnegie Mellon University har utvecklat en mer exakt beräkningsmetod för att rekonstruera nukleotidsekvenserna i full längd av RNA-produkterna i celler, kallade avskrifter, som omvandlar information från en gen till proteiner eller andra genprodukter.

Deras mjukvara, kallad Pilgrimsmussla, kommer att hjälpa forskare att bygga ett mer komplett bibliotek av RNA-transkript och därmed hjälpa forskare att bättre förstå regleringen av genuttryck.

En rapport om Pilgrimsmussla av Carl Kingsford, docent i beräkningsbiologi, och Mingfu Shao, Lane Fellow vid School of Computer Sciences Computational Biology Department, publiceras online idag av tidskriften Naturens bioteknik .

Scallop är en så kallad transcript assembler, ta fragment av RNA-sekvenser, kallas läser, som produceras av högkapacitets RNA-sekvenseringsteknologier (RNA-seq), och sätter ihop dem igen, som pusselbitar, för att rekonstruera kompletta RNA-transkript.

"Det finns många befintliga montörer, "Shao sa, "men dessa befintliga metoder är fortfarande inte tillräckligt exakta."

Jämfört med två ledande montörer, StringTie och TransComb, Pilgrimsmussla är 34,5 procent och 36,3 procent mer exakt för transkript som består av flera exoner - subenheter av en gen som kodar för en del av genprodukten.

Liksom andra referensbaserade montörer, Pilgrimsmussla börjar med att konstruera en graf för att organisera läsningar som är mappade till motsvarande platser på genens DNA. Det finns många alternativa vägar för att koppla samman läsningarna, dock, så det är lätt att göra fel. Scallop förbättrar sina odds genom att använda en ny algoritm för att dra full nytta av informationen från läsningar som sträcker sig över flera exoner för att vägleda den till rätt sammansättningsvägar.

Pilgrimsmussla visar sig vara särskilt skicklig när man sätter ihop mindre rikliga RNA-transkript, förbättrar noggrannheten hos StringTie och TransComb med 67,5 procent och 52,3 procent.

Forskarna har redan släppt Scallop som öppen programvara på GitHub-förvaret.

"Vi har redan haft mer än 100 nedladdningar och, baserat på den feedback vi har fått, folk använder det verkligen, "Shao sa. "Vi förväntar oss fler användare nu när vår tidning är ute."