RNA-sekvensering är en mycket använd teknik inom molekylärbiologi som gör det möjligt för forskare att profilera uttrycksnivåerna för gener i ett biologiskt prov. Den korrekta tolkningen av RNA-seq-data kan dock vara utmanande på grund av olika fördomar som kan uppstå under processen.
Dessa fördomar kan härröra från de inneboende egenskaperna hos RNA-molekyler, såsom deras sekvenssammansättning och kemiska modifieringar, såväl som från tekniska faktorer relaterade till bibliotekets beredning och sekvenseringsmetoder. Som ett resultat kan vissa RNA-sekvenser företrädesvis amplifieras eller undertryckas under RNA-seq-processen, vilket leder till felaktiga genuttrycksmätningar.
För att lösa detta problem utvecklade forskare vid UC San Diego ORION, en onlineplattform som integrerar data från flera källor för att ge en omfattande förståelse av RNA-sekvensförändringar. Verktyget tillåter användare att utforska de potentiella effekterna av dessa fördomar på genuttrycksmönster och att identifiera regioner i RNA-sekvensen som är särskilt mottagliga för dessa fördomar.
Forskarna visade användbarheten av ORION genom att analysera RNA-seq-data från både friska celler och cancerceller. De fann att ORION effektivt kunde identifiera regioner i RNA-sekvensen som var partiska på grund av mutationer eller förändringar i miljöförhållanden, vilket möjliggör en mer exakt tolkning av RNA-sekvensdata.
Dessutom kan ORION hjälpa forskare att optimera sin RNA-seq experimentella design genom att föreslå RNA-sekvensregioner som är mindre benägna att påverkas av fördomar, vilket leder till mer tillförlitliga och reproducerbara genuttrycksmätningar.
Sammantaget ger ORION-portalen en värdefull resurs för forskare som studerar genuttryck med RNA-seq. Verktyget bidrar till att förbättra vår förståelse av effekterna av RNA-sekvensförändringar och möjliggör mer exakt och tillförlitlig analys av RNA-sekv-data.
