Abstrakt:
Salmonella enterica serovar Typhimurium (S. Typhimurium) är en viktig livsmedelsburen patogen som kan orsaka svår gastroenterit hos människor. Gris är en viktig naturlig reservoar och en viktig källa till mänskliga salmonellosinfektioner över hela världen. Att förstå den genetiska grunden för S. Typhimuriums anpassning och kolonisering inom grisen är nyckeln för att utveckla effektiva åtgärder för att kontrollera salmonella i fläskproduktionssystem och minska mänskliga infektioner. I denna studie utförde vi helgenomsekvensering av 200 S. Typhimurium-isolat erhållna från olika källor längs fläskproduktionskedjan inklusive grisfarmer, slakterier och fläskprodukter. Jämförande genomisk analys avslöjade närvaron av distinkta genomiska varianter associerade med varje steg i produktionskedjan, vilket belyser bakteriernas förmåga att anpassa sig till de olika miljöförhållandena. Isolat som hyser specifika virulensgener, såsom de som är involverade i intestinal invasion och systemisk spridning, visade sig vara vanligare hos grisar än i andra källor, vilket indikerar den selektiva fördelen med dessa gener för överlevnad och persistens inom värden. Dessutom identifierade vi genomiska öar unika för S. Typhimurium-isolat från grisar som kan bidra till deras anpassning och kolonisering i denna värdart. Dessa fynd ger nya insikter om de genetiska mekanismerna för salmonellavärdanpassning och persistens, och identifierar potentiella mål för att kontrollera salmonella i grisköttsproduktion och minska risken för infektion hos människor.
