Slicer Ago-proteiner (Ago2): Ago2 är det primära skivar Argonaute-proteinet hos människor. Den innehåller en PAZ (Piwi/Argonaute/Zwille)-domän som binder till 3'-änden av små störande RNA (siRNA) eller mikroRNA (miRNA), och en PIWI-domän som klyver mål-mRNA. Ago2-medierad mRNA-klyvning leder till nedbrytning av mRNA och tystar genuttryck.
Icke-slicer Ago-proteiner (Ago1, Ago3 och Ago4): Ago1, Ago3 och Ago4 saknar den katalytiska aktivitet som krävs för mRNA-klyvning. Istället fungerar de som guider för miRNA och siRNA, och dirigerar dem till deras mål-mRNA. Dessa icke-slicer Ago-proteiner kan också interagera med andra proteiner för att reglera genuttryck genom mekanismer som inte involverar mRNA-klyvning.
Valet av om man ska skiva eller inte skiva en mRNA-molekyl beror på det specifika Argonaute-proteinet som är involverat och det cellulära sammanhanget. I allmänhet är Ago2 ansvarig för att skiva mRNA som riktas mot siRNA, medan Ago1, Ago3 och Ago4 leder miRNA till sina mål-mRNA och reglerar genuttryck genom icke-skivningsmekanismer.