Lysosomer är membranbundna organeller som innehåller matsmältningsenzymer. De är ansvariga för att bryta ner avfallsprodukter och återvinna cellulära komponenter. Växtceller har vakuoler som utför en liknande funktion, men lysosomer är mer specialiserade och innehåller ett bredare utbud av matsmältningsenzymer.
Peroxisomer är membranbundna organeller som innehåller enzymer som är involverade i olika metaboliska reaktioner, inklusive nedbrytning av fettsyror och avgiftning av skadliga ämnen. Växtceller har peroxisomer, men de är mindre och färre än i djurceller.