Här är en uppdelning:
* endonukleaser: Dessa är enzymer som klyver fosfodiesterbindningar i en polynukleotidkedja (som DNA eller RNA). De arbetar "inuti" molekylen, till skillnad från exonukleaser som arbetar i ändarna.
* Begränsningsenzymer: Dessa är en specifik typ av endonukleas som känner igen och skär DNA vid specifika sekvenser som kallas restriktionsställen.
Eftersom restriktionsenzymer är en specialiserad grupp av endonukleaser som klyver DNA internt, kallas de korrekt som endonukleaser.
