* Mikroskopisk natur: Archaea och bakterier är encelliga organismer, osynliga för det blotta ögat. Mikroskop var inte tillräckligt avancerade i Linnés tid att observera och differentiera dessa små livsformer.
* likheter: Bakterier och archaea delar vissa ytliga likheter i deras morfologi (form och struktur). Linné grupperade alla encelliga organismer som han observerade under kungariket "Animalcule" (senare bytt namn till "Monera").
* Begränsad förståelse för biokemi: De grundläggande skillnaderna mellan archaea och bakterier, särskilt deras biokemi och genetik, upptäcktes inte förrän mycket senare. De distinkta evolutionära vägarna och unika biokemiska egenskaperna hos archaea var inte kända för Linné.
Sammanfattningsvis: Linnés system baserades på den makroskopiska världen som han kunde observera direkt. Upptäckten och förståelsen av mikroorganismer som archaea och bakterier var endast möjliga med utvecklingen av avancerade mikroskop och biokemiska tekniker, långt efter Linnéens tid.
