Han använde ett enkelt mikroskop som han byggde sig själv för att undersöka dammvatten, regnvatten och skrapningar från tänderna. Han var förvånad över att se små varelser röra sig runt, som han kallade "Animalcules". Även om han inte förstod vad dessa varelser var, lägger hans detaljerade observationer och beskrivningar grunden för framtida studier på mikroorganismer.