Virus: Virus är naturliga vektorer som kan överföra DNA mellan olika organismer. Vissa virus, som bakteriofager, kan infektera bakterier och infoga sitt eget DNA i bakteriegenomet. Andra virus, såsom retrovirus, kan infoga sitt DNA i genomet av eukaryota celler.
Plasmider: Plasmider är små, cirkulära DNA-molekyler som kan replikera oberoende av kromosomalt DNA. Plasmider kan konstrueras för att bära främmande DNA och kan överföras mellan bakterier genom en process som kallas konjugering.
Kosmider: Kosmider är stora plasmider som kan bära större DNA-fragment än plasmider. Kosmider kan användas för att klona DNA-fragment upp till 40 kilobaser i storlek.
Bakteriella artificiella kromosomer (BAC): BAC är stora, cirkulära DNA-molekyler som kan bära DNA-fragment upp till 300 kilobaser i storlek. BAC används för att klona stora DNA-fragment som inte kan klonas i plasmider eller kosmider.
Jäst konstgjorda kromosomer (YAC): YAC är stora, cirkulära DNA-molekyler som kan bära DNA-fragment upp till 1 megabas i storlek. YAC används för att klona mycket stora DNA-fragment som inte kan klonas i BAC.