Kupffer-cellerna är belägna i levern, särskilt i lumen av leversinusoiderna, som är specialiserade blodkärl som löper genom levervävnaden. Kupffer-celler kantar sinusoiderna och är strategiskt placerade för att övervaka och interagera med blodet när det strömmar genom levern. De spelar en avgörande roll för att upprätthålla leverhomeostas, immunövervakning och avgiftningsprocesser.