Medan han inte var den första som * se * celler, var han den första som namn dem och beskriver deras struktur. 1665, med ett tidigt sammansatt mikroskop, observerade Hooke tunna skivor av kork och märkte små, lådliknande fack som påminde honom om cellerna i ett kloster. Han kallade dessa fack "celler."

Det är emellertid viktigt att notera att Hooke tittade på de tomma cellväggarna i döda växtceller. Det var inte förrän senare som andra forskare, som Antonie Van Leeuwenhoek, observerade levande celler.