Det är utmanande att exakt skilja mellan manliga och kvinnliga Protoceratops enbart baserat på observerbara egenskaper. Till skillnad från vissa arter där sexuell dimorfism är uppenbar i storlek eller fysiska egenskaper, uppvisar inte Protoceratops uppenbara yttre skillnader mellan könen. Därför kan det vara svårt att fastställa könet på Protoceratops utan omfattande vetenskaplig analys.