Det finns inget enda vetenskapligt namn för en mikroorganism. "Mikroorganism" är en allmän term som hänvisar till alla organisme som är för små för att ses med blotta ögat, inklusive:

* Bakterier: till exempel *Escherichia coli*

* virus: till exempel *Influensavirus*

* svamp: till exempel *Candida albicans*

* Protozoa: till exempel *Plasmodium falciparum*

* alger: till exempel *Chlamydomonas Reinhardtii*

Var och en av dessa grupper har sitt eget vetenskapliga klassificeringssystem med specifika namn för enskilda arter.