Konstnärens intryck av en Galileo-satellit. Kredit:ESA.
Designad för att göra Europa oberoende av USA:s GPS, projektet på 10 miljarder euro (11 miljarder dollar) kan uppleva ytterligare förseningar när orsaken till felet utreds, ESA:s generaldirektör Jan Woerner berättade för journalister i Paris.
Arton orbiters har hittills lanserats för Galileo-konstellationen, ett antal som i slutändan kommer att ökas till 30 operativa satelliter och två reservdelar.
Tidigt, första tjänsterna lanserades i december, och felet på nio klockor av 72 som lanserats hittills har inte påverkat driften, sa Woerner.
Ingen satellit har förklarats "ute" till följd av felet.
"Dock, vi är inte blinda... Om detta misslyckande har någon systematisk anledning måste vi vara försiktiga med att inte placera fler felaktiga klockor i rymden, han sa.
Varje Galileo-satellit har fyra ultraexakta atomtidsmätare – två som använder rubidium och två vätemaser.
Tre rubidium- och sex vätemaserklockor fungerar inte, med en satellit med två misslyckade tidtagare.
Varje orbiter behöver bara en fungerande klocka för att satellitnavigatorn ska fungera – resten är reservdelar.
Frågan nu, Woerner sa, är "ska vi skjuta upp nästa lansering tills vi hittar grundorsaken?"
De nästa fyra satelliterna skulle ha hissats upp i rymden under andra halvan av 2017.
"Du kan säga att vi väntar tills vi hittar lösningen, men det betyder att om fler klockor misslyckas så minskar vi Galileos förmåga, " sa generaldirektören.
"Om vi lanserar kommer vi åtminstone att upprätthålla om inte öka möjligheten för Galileo, men vi kan ta risken (för) ett systematiskt problem."
Det var inte heller känt om de trasiga klockorna kan åtgärdas.
Ta risker
ESA skryter med att Galileo har de mest exakta atomur som någonsin flugit för geolokalisering.
Liknar traditionella klockor som förlitar sig på en pendels fästing, atomtidsmätare räknar också regelbundna svängningar, i detta fall växlar mellan energitillstånd för atomer stimulerade av värme eller ljus.
Projektet har redan upplevt många motgångar, det tar 17 år och mer än tredubblar den ursprungliga budgeten innan den gick live förra månaden.
I augusti 2014 efter en mer än ett år lång försening på grund av "tekniska svårigheter", satelliterna nummer fem och sex placerades i en skev, elliptisk bana – fördröjer efterföljande uppskjutningar.
Den civilt kontrollerade tjänsten ses som strategiskt viktig för Europa, som förlitar sig på två militärstyrda rivaler—GPS och Rysslands GLONASS.
Ingen av dem ger en garanti för oavbruten service.
Woerner försvarade beslutet att skapa ett autonomt europeiskt navigeringssystem baserat på europeisk teknik.
"Om du vill vara konkurrenskraftig på den globala marknaden bör du inte förlita dig i för många aspekter på andras teknik, " han sa.
"Om du bara använder beprövad teknik, du har ingen vidare utveckling... Vi borde ta risker för att lära oss, för att vara konkurrenskraftig i framtiden."
I oktober förra året, ESA:s Mars-landare Schiaparelli, designad för att testa teknik för en framtida rover, kraschade in i den röda planeten.
Det hade varit Europas andra misslyckade försök att nå Mars-ytan.
© 2017 AFP